La rutina diaria de Kenji Seki fue puesta en piedra. Todas las mañanas pasea a su perro en la playa para echar un vistazo a su enamorado, Kahori Harukawa, mientras monta las olas en su tabla de surf y camina a la escuela junto con su amigo de la infancia, Natsuki Suzuura. Todo cambió en una soleada mañana de primavera cuando se topó con Ryouichi Kyougoku, un nuevo estudiante guapo que dice ser psíquico, reflexionando sobre lo increíble que fue que finalmente estuviera en la Tierra ...
Nerawareta Gakuencuenta la historia basada en la relación de cómo la presencia de Ryouichi pone en marcha las ruedas del destino para Kenji. No solo son sus días ordinarios desafiados por los celos crecientes de ver a Kahori enamorarse de la joven psíquica, sino que su amigo Natsuki parece estar preocupado por sus propios problemas. Y luego todavía tiene que lidiar con cualquier plan que Ryouichi tenga reservado para él.